在制药厂，一般来说，车间洁净区面积较大，大部分会和中央空调净化系统相连，来完成对各洁净区的净化消毒。
传统的消毒方法是用甲醛熏蒸，而甲醛熏蒸的弊病不少，购置药厂车间臭氧消毒机来代替不失为一个好方法。其具体操作方法一是将臭氧消毒机直接放在空调净化系统的风道中，可称为内置式臭氧消毒机。这样臭氧可以随着风道的气流，送入车间内各洁净区，对洁净区进行消毒灭菌，剩余臭氧吸入回风口，由中央空调带走。方法二是可以将臭氧消毒机放在中央空调风口的外面，将臭氧打入中央空调的风道中，然后被送入车间内各洁净室，可称为外置式臭氧发生器。外置式臭氧发生器安装检修方便，但制造成本要高一点。这两种药厂车间臭氧消毒机的消毒效果都是一样的。
按照卫生部消毒规范的要求，对空气消毒的臭氧浓度是5ppm，但事实上，车间内洁净区的消毒不仅是对空气的消毒，实际上还包括了对车间里所有物体表面的消毒，所以，我们设计的浓度为10ppm。只要每天上班前开机二小时，下班时关机，就可以保证一天内洁净区的浮游菌和沉降菌达到GMP的要求。
据检测报告显示，应用臭氧消毒机，车间各洁净区在40分钟内，臭氧浓度均达到10ppm以上，菌检全部合格。而且每天都合格，完全替代了令人头痛的甲醛熏蒸大消毒。同时，使非生产作业减少，能耗减少，使用药厂车间臭氧消毒机已在许多制药厂家取得了满意的效果。
